Rektor Politechniki Warszawskiej w latach 2012-2020, Przewodniczący Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich w latach 20216-2020, Honorowy Przewodniczący Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (2020-2024). Wcześniej pełnił funkcję Prodziekana (2002-2005) a następnie Dziekana Wydziału Elektroniki i Technik Informacyjnych (2008-2012).

Prof. Jan Szmidt ma znaczący współudział w tworzeniu polskiej szkoły naukowej w zakresie rozwoju technik plazmowych na potrzeby wytwarzania cienkich warstw dielektrycznych i półprzewodnikowych. Jego głównym obszarem badawczym jest obecnie zastosowanie materiałów półprzewodnikowych (SiC i GaN) w przyrządach wysokotemperaturowych, dużych mocy i wielkich częstotliwości. Kierował i kieruje w tym obszarze kilkoma projektami badawczo-rozwojowymi o dużym potencjale aplikacyjnym.

Jest autorem lub współautorem całości lub rozdziałów w 18 książkach, ponad 180 opublikowanych artykułów i komunikatów naukowych, z czego ponad 40% w indeksowanych czasopismach z listy IRC. W dorobku prof. Jana Szmidta znajduje się ponad 350 prezentacji (autorskich i współautorskich) konferencyjnych. Współautor 15 patentów i zgłoszeń patentowych. Według źródła Google Scholar liczba Jego cytowań wynosi h=22, cited=1723, wg bazy Scopus h=19, cited=1270, zaś wg Web of Science h=20, cited=1264.

Był inicjatorem, wykonawcą lub kierownikiem ponad 70-ciu projektów badawczych i badawczo-rozwojowych (krajowych i międzynarodowych). Organizator, członek komitetów organizacyjnych i programowych oraz chairman kilkudziesięciu konferencji naukowych o zasięgu krajowym i międzynarodowym.

Tematyka szeroko rozumianej nanotechnologii została, jako cykl wykładów, projektów i ćwiczeń laboratoryjnych, wprowadzona do oferty programowej Wydziału Elektroniki i Technik Informacyjnych. Był inicjatorem powstania Studenckiego Koła Naukowego Mikroelektroniki i Nanoelektroniki.

Inicjator porozumienia UT3, w skład którego wchodzą: Politechnika Warszawska, Politechnika Łódzka i Wojskowa Akademia Techniczna, oraz Polskiego Instytutu Technologii.

Prof. Jan Szmidt był lub jest członkiem wielu rad naukowych, w tym między innymi: Rady Naukowo-Przemysłowej przy Sekretarzu Stanu w Ministerstwie Obrony Narodowej, Rady Naukowej Instytutu Lotnictwa, Instytutu Wysokich Ciśnień PAN, oraz przewodniczącym Rady Naukowej PCO S.A. i Rady Ekspertów MESKO S.A., Rady Programowej Narodowego Kongresu Nauki.

Wypromował dwunastu doktorów (w tym siedmiu z wyróżnieniem). Kolejnych siedem osób pozostaje pod Jego opieką naukową realizując prace doktorskie.

Odznaczony Brązowym (1977 r.) Srebrnym (1987 r.) i Złotym (1999 r.) Krzyżem Zasługi, Medalem Edukacji Narodowej (2007 r.) oraz Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (2020 r.), a także nagrodą Wydziału IV Nauk Technicznych PAN, Złotym Medalem Kapituły Akademii Polskiego Sukcesu, dyplomem i złotym medalem za wynalazek „diamentowe elektrody wytwarzane metodą HF CVD dla elektrochemicznych zastosowań” od Stowarzyszenia Polskich Wynalazców i Racjonalizatorów, medalem IFIA (International Federation of Inventors Associations), „Tabliczką Uznania” (Plaque of Appreciation) od Ministerstwa Spraw Zagranicznych Republiki Korei za przyczynienie się do wzmocnienia przyjaznych relacji pomiędzy Republiką Korei a Rzeczpospolitą Polską, medalem firmy Siemens, nagrodą ProJuwenes Parlamentu Studentów RP jako prostudencki autorytet, Medalem Mikołaja Kopernika Zarządu Związku Banków Polskich (2020), tytułem „Diamentowego Inżyniera 2019” w XXVI Plebiscycie Czytelników „Przeglądu Technicznego” oraz wieloma innymi odznaczeniami i wyróżnieniami.

Wielokrotnie otrzymał nagrody Rektora Politechniki Warszawskiej za działalność naukową, badawczą lub organizacyjną.

Doktor Honoris Causa Politechniki Kijowskiej „KPI” im. Igora Sikorskiego.

Z Jego inicjatywy Politechnika Warszawska przystąpiła do Deklaracji Społecznej Odpowiedzialności Uczelni.